A agora designada Escola EB 2,3 El-Rei D. Manuel I existe neste espaço desde 24 de novembro de 1984, resultando da transição da Escola Preparatória D`El-Rei D. Manuel I que funcionava na antiga Quinta do Valbom. Aqui as instalações já se encontravam num elevado grau de degradação, sem as mínimas condições de segurança e o espaço era manifestamente insuficiente para comportar o elevado número de alunos naquela época, cerca de setecentos. Além disso a população do concelho estava a aumentar o que justificava a construção de um novo equipamento escolar.
Em resultado de um acordo entre a Câmara Municipal e o Ministério da Educação, surge então a Escola Preparatória e Secundária de Alcochete na Avenida da Restauração, designada mais tarde, por Escola C+S de Alcochete e dimensionada para trinta turmas.
Inicialmente a escola era constituída por três blocos de sala de aula, um edifício polivalente onde existiam os serviços e ainda de um campo de jogos. Funcionava apenas em regime diurno com o Ensino Preparatório e o Curso Unificado. Em 1985/1986 alargou-se aos cursos noturnos por haver grande procura por parte da população e, algum tempo depois, implementaram-se os cursos complementares noturnos do Ensino Secundário.
Graças aos esforços desenvolvidos pelos pais e encarregados de educação, professores, alunos e Conselho Diretivo e ao apoio dado pela Câmara Municipal de Alcochete foi concretizada uma grande aspiração: a autorização para se iniciar o ensino secundário nesta escola (Despacho Conjunto 193/SERE/SEBS/92 de dezanove de novembro). Foi então construído um novo bloco de aulas e balneários desportivos, sendo os respetivos custos assumidos pelo Ministério da Educação e pela Câmara Municipal de Alcochete.
Em 28 de outubro de 2006 foi inaugurado o pavilhão gimnodesportivo para servir a população escolar, depois de um longo processo de negociações entre o Ministério da Educação, os vários órgãos diretivos, as Associações de Pais e a Câmara Municipal de Alcochete. Até esse momento grande parte das aulas de Educação Física eram lecionadas no Pavilhão Gimnodesportivo Municipal, obrigando a um grande esforço na deslocação dos alunos e na organização dos tempos letivos e pondo em causa a segurança dos alunos. Durante doze anos coexistiram, neste espaço, alunos do 5º ao 12º anos em regime diurno e cursos noturnos abrangendo os três níveis de ensino.
Face ao exponencial crescimento da população que se verificou neste concelho a partir da construção da ponte Vasco da Gama e aliado a uma forte vontade da comunidade educativa, urgia que uma nova escola fosse construída para albergar os alunos do Ensino Secundário. Assim veio a acontecer: no ano letivo de 2004/2005 a Escola EB 2,3 El- Rei D. Manuel I passa apenas a funcionar com alunos do Ensino Básico, mantendo ainda alguns alunos no ensino noturno. Em 2005/2006 a escola é frequentada por 815 alunos, tem 100 professores e 27 auxiliares da ação educativa.
Em 2007 surge o Agrupamento Vertical de Escolas de Alcochete em resultado da fusão do Agrupamento Horizontal de Escolas de Alcochete e da Escola EB 2,3 El-Rei D. Manuel I, tornando-se esta a escola - sede.
Este Agrupamento recebe crianças e alunos das freguesias do Samouco, S. Francisco e Alcochete distribuídos por um total de sete escolas e Jardins de Infância. Em 2008/2009 o Agrupamento era frequentado por 2068 crianças e alunos sendo que a escola-sede era frequentada por 433 alunos do 2º ciclo, 547 alunos do 3º ciclo, 45 alunos dos Cursos de Educação e Formação e ainda por 15 alunos de Percursos Curriculares Alternativos, num total de 1040 alunos. Para receber este elevado número de alunos tiveram que ser instalados três “contentores” que foram retirados três anos depois.
Em consequência da nova política educativa, em 2011/2012 o Agrupamento de Escolas de Alcochete passa a integrar a Escola Secundária de Alcochete, tornando-se esta a escola sede do Agrupamento. Entretanto, face ao elevado número de alunos e à incapacidade da Escola EB 2,3 El - Rei D. Manuel I em os acolher na totalidade, três turmas de sétimo ano são transferidas para as instalações da Escola Secundária.
As instalações encontram-se degradadas, a necessitar de reparações urgentes, os espaços exteriores aos pavilhões de aulas carecem de obras, as salas estão ocupadas na totalidade do seu horário, os equipamentos tecnológicos avariam frequentemente, não existem espaços livres para funcionamento de atividades de apoio e recuperação das aprendizagens dos alunos, o número de assistentes operacionais é manifestamente insuficiente, não existem técnicos de apoio aos alunos com Necessidades Educativas Especiais...fatores estes, que naturalmente, afetam a qualidade do ensino.
O futuro da vida desta escola advinha-se, pois, difícil. Reclama-se uma intervenção urgente, passando por um projeto de requalificação e de ampliação ou, em alternativa, a construção de uma nova escola básica, a bem dos que aqui convivem e trabalham diariamente.